Todas sus obras conocidas son para órgano y están contenidas en dos manuscritos; incluyen seis piezas de estilo tiento (algunas llamadas 'gaytilla' o 'partido'; una ed. J. Muset, Early Spanish Organ Music, New York, 1948; cinco ed. en "Antología de organistas españoles del siglo XVII", I-II, Barcelona, 1965-6), dos colecciones de versets, y varias escenas de "Sacris solemniis" y de "Pange lingua" español. Una colección de versets para los ocho tonos de salmo tratan el plainsong en cada una de las cuatro voces a su vez, en medio del contrapunto imitativo.

La otra colección, así como la mayoría de las piezas más grandes, son menos contrapuntistas. Algunas son para registro dividido -una tradición española- y ofrecen figuración viva en el registro solista contra un acompañamiento relativamente estático; aquellas para registro solista tienden a seguir largas secuencias en una textura algo homofónica. 

Menalt es generalmente reconocido como uno de los máximos representantes catalanes, con obra conservada, de lo convenido en llamar la escuela de órgano catalano-valenciana del siglo xvii.